Zbog podrške austrijskoj vojsci u tursko-austrijskim ratovima, u drugoj polovini 17-og veka srpski narod bio je prisiljen da često napušta svoje vekovno ognjište i da se, uz saglasnost austrijskih vlasti, naseljava u panonsku ravnicu, uz posebne privilegije, ali i obavezu da budu graničari i da brane granicu carevine od turskih najezda.
U jednoj takvoj seobi, u Dalj se doselio i pradeda Milutinovog pradede Milanko, verovatno početkom osamnaestog veka, pošto njegovo ime nije zabeleženo u popisu stanovništva kotara Osijek iz 1679. godine. O doseljenju Milanka u te krajeve (po kome je cela porodica dobila ime Milanković), Milutin beleži u svojim memoarima:
„Na kraju daljskog hatara, kod patrijaršijske pustare Marinovci, nalazi se jedan bunar koji se, još za vreme moga detinjstva, zvao Marinkovim imenom. Tu se, verovatno, Milanko po svom dolasku nastanio, ne da obrađuje zemlju, već da trguje konjima i stokom, sudeći po onome što se u porodici prepričavalo.”
Za osvedočenu vernost i učinjene usluge, austrougarski car, 1706. godine, dade Srbima nove patente i privilegije,
a iste godine dade srpskom arhiepiskopu Čarnojeviću i njegovim potomcima državno dobro: sela Dalj, Borovo i Belo Brdo, u vlasništvo.
Naseljavanje Dalja završeno je za vreme Stevana Stratimirovića, mitropolita karlovačkog, pa je to mesto dobilo oblik koji se više nije osetno menjao. Stanovnici Dalja sagradiše crkvu, hram svetog Dimitrija, jednu od najlepših srpskih crkava Austrougarske monarhije.
Pored prostrane crkvene porte podignute su administrativne i gospodarstvene zgrade patrijaršijskog spahiluka, a iza porte prostire se, sve do Dunava, lep stari park.
U njemu se nalazila letnja rezidencija srpskih patrijaraha. Mnogi od tih objekata i danas su u funkciji stanovnika Dalja. Tako izgrađen, Dalj je, sa preko 5 hiljada stanovnika, bio središte jednog od najvećih patrijaršijskih spahiluka u Slavoniji, i zato ga je Jakov Ignjatović, u svojoj pripoveci „Uveo listak“, čija radnja se odigravala u Dalju, u svom pesničkom poletu nazvao varošicom.
Koliko je Milanković bio vezan za svoj rodni kraj svedoče i reči koje je zabeležio prilikom povratka s jednog od čestih putovanja, ovaj put iz Ženeve:
„Od svih doživljaja moje mladosti, moj put i boravak u Švajcarskoj bio je jedan od najlepših. Ipak mi je srce radosno zakucalo kada iz železničkog voza sagledah toranj daljske crkve, njive i livade daljskog hatara. Ta moja rodna gruda dobra je majka, plodnija i toplija od švajcarskih planina i glečera.”
Taj deo srpskoga naroda, odvojen državnim granicama od ostalih svojih sunarodnika, živeo je zasebnim životom. Uprkos tim granicama, duhovne veze Srba Austrougarske monarhije s ostalim delovima srpskog naroda bile su vrlo jake , i ti „prečanski“ Srbi igrali su značajnu ulogu u duhovnom i kulturnom razvitku celokupnog srpstva. Odande su došli u Srbiju prvi nastavnici škola i položili temelje vaspitnim i prosvetnim ustanovama.
Porodica Milanković, ne samo da je bila jedna od najstarijih, već i jedna od najviđenijih srpskih porodica koja se naselila na obale Dunava.
„U njihovim domovima očuvalo se, predanjem, pismenim i materijalnim svedočanstvima, toliko uspomena o njihovom životu da bih ih mogao pratiti sve do pradede moga pradede Milanka, po kome se mi, njegovi potomci nazvasmo Milankovići.”
Iz ove porodice potekao je niz uglednih i učenih ljudi: sveštenika, oficira, pravnika, uglednih državnih činovnika, ali i značajnih stvaralaca, među kojima se posebno ističu Uroš Milanković, filozof prirode, Andrija Radovanović, glavni inženjer fabrike „Škoda”, Milutinov otac Milan, trgovac i zemljoposednik i drugi.
Svojim sposobnostima i težnjama ka višem, Milankovići se popeše u rang intelektualaca i fakultetlija već svojim trećim kolenom. Milutinov pradeda Todor svršio je pravne nauke.
„Godine 1878. moj otac Milan oženio se mojom majkom Jelisavetom, iz poznate srpske porodice Muačević. Iduće 1879. godine bog im je podario blizance, moju sestru Milenu i mene, a zatim još petoro dece: Ljubišu, Vladana, Vojislava, Vidosavu i Bogdana.”
Život u kući Milankovića tekao je mirno, po utvrđenom starom redu i običaju. Majka se brinula o svojoj deci i njihovoj posluzi, a staramajka je nadzirala sve što se u kući dešavalo.
Milutinov otac bio je vredan, obrazovan i preduzimljiv čovek. Držao je dobro uređenu trgovačku radnju koju je nasledio od oca, i bavio se zemljoradnjom. Oduševljen poljoprivrednom naukom, uspešno je primenjivao nove naučne metode u obrađivanju zemljišta, poslovima vinogradarstva i podrumarstva, i uvodio moderne poljoprivredne mašine na svom velikom posedu od 57 hektara. Za svoje poljoprivredne proizvode dobio je nekoliko visokih priznanja. Na poljoprivrednoj izložbi u Osijeku, koju je 1889. godine priredilo Slavonsko poljoprivredno društvo, Milutinov otac posmrtno je odlikovan zlatnom medaljom za vino koje je proizveo. Završio je i zidanje porodične kuće, koja je u to vreme bila najveća u Dalju, s prekrasnim baštenskim paviljonom i dvorištem koje je izlazilo na Dunav.
Pored toga, otac Milutinov, uključio se već u svojoj 26. godini, u javni život, a jedan od glavnih zadataka koje je sebi postavio bio je podizanje prosvećenosti rodnog kraja. Kada nije bio zauzet privatnim ili javnim poslovima, čitao je časopise i knjige kojima se njegova biblioteka punila iz godine u godinu. Milutin se ponosio tom bibliotekom s kojom je u porodičnoj kući odrastao, a koju je popunjavalo više ranijih generacija.
Ljubav prema knjigama Milutin je nasledio od svojih predaka. Najveći čitač među Milankovićima bio je Dimitrije, koga Milutin u svojoj biografiji često spominje kao deda-Mitu.
Sklonost i ljubav prema knjigama Milutin je posebno istakao u svojim memoarima: „Kao što sam ispričao u prvoj svesci svojih Uspomena, i u mome očinskom domu u Dalju nalazila se poveća biblioteka koja je obuhvatala veliki deo srpske književnosti devetnaestog veka, jer su moji preci bili redovni pretplatnici svih tadašnjih srpskih knjiga i časopisa. Retko će se naići na koju knjigu toga doba u kojoj među prenumerantima, nije zabeleženo njihovo ime.“ Knjige i pretplate na njih bile su posrednici prvih veza porodice Milankovića sa Maticom srpskom, koje je Milutin održavao do kraja života.
Milutinov otac predano se bavio sinovljevim obrazovanjem, nalazeći uzor i inspiraciju u popularnom delu „Emil“ prosvetitelja Žan-Žak Rusoa. Pre nego što je Milutin navršio petu godinu, otac se spremi da ga vaspitava, pridržavajući se svih Rusoovljevih propisa. Za razliku od Rusoovljevog zdravog, krepkog i robusnog Emila, Milutin je bio slabunjav, mlitav, bolešljiv, sasvim različit od svoje braće i sestara. U svojoj četvrtoj godini, zime 1882/1883, Milutin je preboleo difteriju u epidemiji koja je zahvatila Dalj, dok je u svojoj petoj godini preboleo zapaljenje pluća.
„Izgleda mi nesumnjivo da je moja slaba fizička konstrukcija imala za posledicu da su se moje duhovne sposobnosti razvijale brže no kod druge dece, pa da sam u tom pogledu sazreo pre vremena.”
Sva njegova dečja zanimanja i zabave bile su, uglavnom, duhovne prirode. Tome je bio uzrok njegovo slabašno telo, nesposobno za fizičke napore. Zbog zimogrožljivosti i čestih prehlada, još kao dečačić sanjao je o tome da čitavom čovečanstvu bude lepo i toplo, kao njemu u naručju guvernante Zorke.
Roditelji su rano otkrili Milutinovu nadarenost za matematiku i muziku.
„Još dok nisam navršio svoju petu godinu, otac mi pokaza novac i nauči me računati sa njime. Rastumači mi decimalni brojni sistem i nauči me da brojim. Tako sam stekao svoja prva znanja iz matematike. Brojanje do dvadeset stekao sam neosetno iskustvom, a brojanje do miliona logičkim rasuđivanjem. I to znanje kao da je odraslo u meni samo od sebe. Pored matematike, otac mi je tumačio razne slike i figure i učio me da ih premeravam i precrtavam, i čitao mi epske pesme. Te pesme lako sam naučio napamet. A imao sam i dobro muzičko pamćenje. Lako sam naučio svaku pesmu i ariju.”
Kada je Milutinu bilo osam godina, umro mu je otac Milan, 7. oktobra 1886. godine. Prerana očeva smrt ostavila je težak trag i mnoge negativne posledice na njegov život, i na sudbinu čitave porodice. Od tada je svu brigu o njemu preuzeo ujak Vasilije Muačević, koji ga je do kraja života pomagao, savetovao i podsticao da istraje na putu nauke i stvaralaštva.
Otac je sahranjen na groblju u Dalju. Ujak Vasilije je pomogao Milutinovoj majci Jelisaveti da u Beču naruči spomenik na kome su urezani stihovi pesme Jovana Jovanovića Zmaja, ličnog prijatelja Vasilija i Milana, posebno napisani za tu priliku. To je sada porodnična grobnica u kojoj je sahranjen i Milutin.
U rodnom Dalju, Milutin je završio osnovnu školu privatno, a školovale su ga guvernante. Jedna od njih bila je Zorka koje se on rado seća, jer je od nje stekao prva saznanja iz geografije i grčke mitologije.
„Nisam voleo da učim kao papagaj, već sam sve želeo da prozrem svojim duhovnim okom. Naša draga guvernanta Zorka je to opazila i pomagala mi u tome! Tumačila mi je šta su ekvator, polovi, uporednici i meridijani. Ona mi je usadila ljubav prema grčkoj mitologiji koju je izvanredno poznavala.”
Možda u ovim ranim saznanjima, stečenim u Dalju, leži temelj stalnog Milankovićevog osvrtanja na svoje korene i početke svih ljudskih saznanja i prvih nauka darovanih svetu.
Kada je završio treći razred osnovne škole, ujak Vasilije mu je poklonio srebrni sat,
„korisno sredstvo za vaspitanje, jer sam njime naučio da merim vreme.“ Uz taj sat trebalo je izmeniti i odeću, tako da je uskoro dobio i novo „muško“ odelo: kaput s prslukom kako bi u njemu mogao da drži svoj srebreni sat. „Tako odevenog i opremljenog počeše mlađi da me zovu mladim gospodinom, što mi je vrlo laskalo. Uživeh se u ulogu prve muške glave u kući, a za takvog su me, mališana, svi priznavali.“
To je bilo vreme kada je veliki deo svog slobodnog vremena provodio kraj Dunava i kada se rodila trajna i bezgranična ljubav Milutina prema rajskoj reci Fison. Dunav je svojom veličinom i svojim tokom za njega postao opsesija. Ceo život proživeo je pored Dunava. Obožavao ga je.
„Ceo moj život prošao je kraj velike reke. U mladosti, jutrom sam gledao Dunav kako otkida komade očeve zemlje. Studentske dane u Beču proveo sam kraj njega. Sa Kapetan Mišinog zdanja Beogradskog univerziteta često sam gledao na Dunav u proleće i u jesen. U izgnanstvu, u Pešti, njime sam se tešio. Evo me pod starost opet kraj Dunava...”
